La Subdirección de Investigación a la fecha ha editado y publicado 21 libros, con el fin de promover y difundir investigaciones científicas en torno al patrimonio cultural y natural del país, en las siguientes colecciones:
1. Etnografía: Esta colección busca transformarse en un aporte al conocimiento de los grupos que forman parte de nuestra sociedad; también del largo proceso que permite alcanzar ese conocimiento, resaltando la naturaleza representacional de toda etnografía. No hay una definición de Etnografía compartida por todos los antropólogos (para qué hablar de los otros que también la usan y que no lo son), pero, tal vez la mayoría se sienta cómodo con esa perspectiva tradicional que la define como: "el proceso de aprender el modo de vida de una comunidad y de informar los resultados de ese aprendizaje".
2. Cultura y Naturaleza: Esta colección busca dar a conocer algunos ejemplos que muestran las diversas relaciones que los seres humanos han establecido con otros seres vivos, siempre con la perspectiva que todos formamos parte de un universo de múltiples sentidos, que se afectan recíprocamente al ser parte de un mismo sistema.
2. Bajo la Lupa: La presente colección reúne artículos escritos al alero del proyecto Bajo la Lupa, financiado por el Servicio Nacional del Patrimonio Cultural y administrado por la Subdirección de Investigación. Investigadores externos a la institución se aproximan a bienes patrimoniales custodiados por diversos museos, archivos y bibliotecas para generar nuevos contenidos científicos en torno a estas materialidades.
3. Cultura y Patrimonio: Esta colección busca dar a conocer distintos ejemplos que muestran la importancia simbólica que tienen determinados bienes para diversos grupos de personas, considerando siempre que si los preservamos para las futuras generaciones no es por su naturaleza intrínseca sino por lo que representan. ¿Por qué hablamos de cultura y patrimonio y no de patrimonio cultural? Simplemente porque pensamos que lo importante es el significado de los bienes, tangibles o intangibles, y no su propiedad, sea individual o colectiva. Como bien lo indica Llorenç Prats, el patrimonio es la representación simbólica de la identidad de un grupo y en la medida que siga teniendo sentido y significado para una comunidad determinada se mantendrá, con dinamismo, en el tiempo.
4. Fuera de Colección.
